Bu kanun, daha önce çıkarılan mali aflardan farklı olarak tahsilata ve peşin ödemeye çok önem veriyor.
İzmir Yeminli Mali Müşavirler Odası Başkanı Şadi Çetin konuya ilişkin yaptığı açıklamada “Yapılandırılan borçlar, tercihe göre peşin veya taksitler halinde ödenebiliyor. Ancak, yapılandırmanın devam edebilmesi için, ilk iki taksitinin eksiksiz ve süresinde ödenmesi şart. 
Peşin ödemelerde, Yİ-ÜFE oranları üzerinden hesaplanan tutardan ayrıca %50 indirim yapılıyor. Peşin ödemeler, ilk taksit ödeme süresinin son günü olan 30 Kasım 2016 tarihine (bu tarih dâhil) kadar yapılabilecek. Peşin ödemelerde, yapılandırılan borçlara ayrıca herhangi bir katsayı veya faiz uygulanmıyor.   
Örneğin, alacak aslı 20.000,00 TL olan bir borcun yapılandırılmasında; fer’i alacaklar yerine Yİ-ÜFE aylık değişim oranları esas alınarak hesaplanan tutarın 6.200,00 TL olduğunu varsayalım. Bu durumda mükellef yapılandırılan borç tutarını peşin ödemeyi tercih ederse, Yİ-ÜFE tutarından %50 indirim yapılacak ve toplam 23.100,00 TL ödenerek borç kapanacak. Aksi takdirde seçilen vadeye göre 26.200,00 TL üzerinden ayrıca taksitlendirme faizi hesaplanacak.
Borçların, kredi kartıyla peşin ya da taksitle ödenmesi mümkün. Kredi kartıyla ödeme yapıldığında, işlem tarihi itibarıyla borç ödenmiş sayılıyor.
Ayrıca, taksitlerden bir takvim yılında en fazla iki tanesinin süresinde ödenmemesi veya eksik ödenmesi hali Kanunun ihlal nedeni sayılmıyor. Bu durumda, diğer taksitler ilgili dönemlerinde ödenebilecek.
Matrah artırımında bulunan mükelleflerin, 31 Ekim 2016 tarihine (bu tarih dâhil) kadar bağlı oldukları vergi dairesine başvuruda bulunmaları gerekiyor. Matrah ve vergi artırımında hesaplanan gelir, kurumlar ve katma değer vergisi ile gelir ve kurumlar vergisi tevkifat tutarları, 30 Kasım 2016 tarihine (bu tarih dâhil) kadar peşin ödenebileceği gibi 6, 9, 12 ve 18 eşit taksitle de ödenebiliyor. Bu vergilerin taksitlerinin süresinde ödenmemesi halinde, ödenmeyen tutarlar 6183 sayılı Kanunun 51 inci maddesine göre belirlenen oranın bir kat fazlası oranında (aylık %2,80) uygulanacak gecikme zammıyla birlikte takip ve tahsil edilecek.” dedi.